Η Διεύθυνση ΠΔΕ αποτελείται από τα ακόλουθα τμήματα:
- Τμήμα Διεθνούς Εμπορίου Αγαθών
- Τμήμα Διεθνούς Εμπορίου Υπηρεσιών, Πολιτικής Διεθνών Επενδύσεων και Βιώσιμης Ανάπτυξης
- Τμήμα Πνευματικών Δικαιωμάτων στον Τομέα Εμπορίου, Διευκόλυνσης του Εμπορίου και λοιπών θεμάτων Εμπορικής Πολιτικής.
Η Διεύθυνση ασχολείται κατά βάση με ζητήματα Κοινής Εμπορικής Πολιτικής και Πολυμερών Εμπορικών θεμάτων στο πλαίσιο του Παγκόσμιου Οργανισμού Εμπορίου (ΠΟΕ).
Ειδικότερα, η ΠΔΕ, μέσω των καθ’ ύλην αρμόδιων Τμημάτων της, χαράσσει και διαμορφώνει πολιτική στα παρακάτω πεδία:
- Εμπορικές Συμφωνίες ΕΕ με Τρίτες Χώρες
- Διμερείς Επενδυτικές Συμφωνίες
- Πολυμερείς και Πλειονομερείς διαπραγματεύσεις στο πλαίσιο του ΠΟΕ
- Πνευματικά Δικαιώματα και Γεωγραφικές Ενδείξεις
- Επιτροπή Εμπορίου του Οργανισμού Οικονομικής Συνεργασίας και Ανάπτυξης (ΟΟΣΑ)
- Επιτροπή Επενδυτικής Πολιτικής του ΟΟΣΑ
- Εθνικό Σημείο Επαφής (ΕΣΕ) για τις Κατευθυντήριες Οδηγίες ΟΟΣΑ για Πολυεθνικές Επιχειρήσεις
